أيام على الإعتقال، تلقت العائلة إتصالا قصيرا منه يخبرهم أنه معتقل في سجن المباحث في بالتزامن مع حصول المملكة العربية السعودية في 28 أكتوبر2016 على عضوية لفترة ثانية في مجلس حقوق الإنسان تمتد حتى عام 2019، بدأت بمحاكمة المدافع عن حقوق الإنسان الشيخ محمد الحبيب.
في 8 يوليو 2016، كان الشيخ محمد الحبيب (6 نوفمبر 1964) متوجها إلى دولة الكويت عبر منفذ الخفجي البري الحدودي، حيث انقطعت أخباره عن عائلته، ورغم محاولتها الوصول إليه إلا أنها لم تتلق أي معلومات حول مكانه.
في 10 يوليو 2016، وبعد أربعة الدمام دون أن يوضح أسباب وظروف الإعتقال.
بقي الشيخ الحبيب 130 يوما في السجن الإنفرادي، تمكن خلالها من لقاء أسرته مرة واحدة في المحكمة الجزائية المتخصصة في إحدى الجلسات والتي لم تعقد لأسباب مجهولة. لم يمكن الشيخ الحبيب من توكيل محام، ولم يتوفر ذلك إلا بعد أشهر على الإعتقال وبعد بدء مواعيد محاكمته، في مخالفة لحقه في الحصول على دفاع منذ لحظة إعتقاله.
في 27 أكتوبر 2016، أقيمت إحدى جلسات محاكمته، ووجهت له تهم الدعوة للفتنة والتحريض على ولاة الأمر. هذه الجلسة لم تكن الأولى وقد سبقها عدة جلسات دون أن توجه له فيها تهما، وآخر الجلسات -وليست الأخيرة- عقدت في 30 نوفمبر 2016 وقد خصصت لتقديم ردود الدفاع.
يمارس الشيخ الحبيب نشاطه في محافظة القطيف وفي مسقط رأسه مدينة صفوى، ودعا في خطاباته المتعددة إلى الإصلاح الوطني والعدالة الإجتماعية والسماح بحرية التعبير، وطالب برفع التمييز، وفتح باب المشاركة السياسية والإفراج عن جميع معتقلي الرأي.
أكد خلال خطبة في 3 أغسطس 2012 إن الإعتقالات التعسفية والقتل وقمع الحريات العامة يزيد العلاقة بين المجتمع والسلطة إضطربا، مؤكداً ضرورة الإقرار بالحق في المشاركة السياسية والحق بالعدالة الاجتماعية للجميع. وفي 12 يونيو 2015 دعى لمعالجة التطرف والإرهاب وذلك من خلال المعالجات الفكرية والمنهجية. كما إنه عارض الإعتقالات التعسفية ورفض إعتقال المطالب بالعدالة الشيخ نمر النمر، لأنه لم يرتكب جرما مطالبا بتحقيق العدالة في قضيته.
وكان الشيخ الحبيب قد تعرض لمضايقات من قبل الحكومة السعودية تمثلت في التحقيق والإعتقال. ففي 12 ديسمبر 2012 تم اعتقاله من مطار الملك فهد الدولي في الدمام، أثناء عودته من مشاركة ثقافية من سلطنة عُمان، وأفرجت عنه بعد ساعات.
إن المنظمة الأوروبية السعودية لحقوق الإنسان تؤكد أن ما تعرض له الشيخ محمد الحبيب هو إعتقال تعسفي ومخالفة لعدد من القوانين والمواثيق الدولية ومنها المادة الثالثة من الإعلان العالمي لحقوق الإنسان التي تؤكد أن لكل فرد الحق في الحرية والسلامة الشخصية، والمادة 14 من الميثاق العربي لحقوق الإنسان التي تنص على أن (لكل شخص الحق في الحرية وفي الأمان على شخصه، ولا يجوز توقيفه أو تفتيشه أو اعتقاله تعسفا وبغير سند قانوني)، كما أنه يناقض ما ادعاه رئيس هيئة حقوق الإنسان السعودية بندر العيبان في 31 مايو 2016 حول التزام السعودية بقوانين حقوق الإنسان.
وتشير المنظمة إلى أن التهم التي وجهت للشيخ الحبيب تؤكد أن اعتقاله بسبب تعبيره عن رأيه ومطالبته بالحقوق والحريات، وممارسة إنتقامية على خلفية مواقفه، وليس بسبب إرتكابه أعمالاً جنائية. كما إن محاكمته في المحكمة الجزائية المتخصصة والتي تعنى بقضايا الإرهاب، إساءة صريحة للمدافعين عن حقوق الإنسان وتأكيدٌ على تحليل قانوني لنظام الإرهاب السعودي نشرته المنظمة الأوروبية خلص إلى أن السعودية تستخدم قانون مكافحة الإرهاب في إستهداف المدافعين عن حقوق الإنسان.
إن المنظمة الأوروبية السعودية لحقوق الإنسان تطالب بالإفراج الفوري وغير المشروط عن الشيخ محمد الحبيب، في تنفيذ للمطالب التي رفعها الفريق العامل المعني بالإحتجاز التعسفي، الذي (أوصى بالإفراج عن كل المعتقلين على خلفية نشاطهم المتعلق بحماية وتعزيز حقوق الإنسان)، كما تشدد على ضرورة ضمان حرية وسلامة كافة المدافعين عن حقوق الإنسان والمطالبين بالعدالة الإجتماعية والتوقف عن سياسات الترهيب والتهديد.